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    HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Fachabteilungen Molekulargenetik Neurogenetik Pharmakogenetik Nutrigenetik Stoffwechselgenetik Zytogenetik Reproduktionsgenetik Molekulare Onkologie Immungenetik Klin Chemie Immunbiologie Molekulare Infektiologie Abstammungsanalysen Bioinformatik Sprechstunden Genetische Beratung Immuntherapie Aktuelles Veranstaltungen Fachinformationen Gesetzliche Regelungen Abrechnung Adressen Links Downloads Untersuchungsaufträge Einwilligungserklärung Fachinformationen Informationsbroschüren Publikationen Publikationen 2016 Publikationen 2015 Publikationen 2014 Publikationen 2013 Publikationen 2012 Publikationen 2011 Publikationen 2010 Unternehmen Facharztbereiche Humangenetik Laboratoriumsmedizin Mikrobio Virologie Transfusionsmedizin HLA Labor Immundefekt Diagnostik Immunisierungsbehandlung Pathologie Historie Impressum Standorte LG Martinsried Qualitätsmanagement Aufgaben Urkunden Zertifikate Ringversuchsteilnahmen Stellenangebote Kontakt Ihr Browser kann leider keine eingebetteten Frames anzeigen Sie können die eingebettete Seite über den folgenden Verweis aufrufen MVZ Slider Ihr Browser kann leider keine eingebetteten Frames anzeigen Sie können die eingebettete Seite über den folgenden Verweis aufrufen Schnellzugriff Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsdiagnostik MVZ Unsere diagnostische Kernkompetenz liegt in der Analyse von Körperflüssigkeiten und Gewebeproben mittels molekulargenetischer zytogenetischer durchflusszytometrischer und biochemischer Verfahren Die molekulare Diagnostik in unseren Laboratorien findet dabei unter Verwendung modernster Technologien statt wie z B Gen Panel Analysen und nicht invasive Pränataldiagnostik NIPT mittels Next Generation Sequencing NGS Array CGH SNP Array Tandem Massenspektrometrie oder Whole Genome Exome Sequencing Außerdem bieten wir Abstammungsanalysen Vaterschaftstests und Zwillingsanalysen und Mikrobiomanalysen enteralis TM an Unsere ärztlichen und wissenschaftlichen Mitarbeiter bieten Ärzten bei Bedarf eine fachlich kompetente persönliche Beratung zu allen klinischen und diagnostischen Fragestellungen Unser Beratungsangebot für Patienten umfasst neben der genetischen Beratung in Martinsried München Augsburg und Kempten auch Beratungen zu Fertilitätsstörungen und verschiedenen Verfahren der Pränataldiagnostik NIPT PID und PKD Telefonisch erreichen Sie uns Montag Freitag von 8 00 und 18 00 Uhr unter der zentralen Telefonnummer 089 895578 0 Unser Ziel ist es den aktuellen Stand von Wissenschaft und Technik sinnvoll in die medizinische Diagnostik zu integrieren Um dies zu ermöglichen arbeiten wir eng mit klinischen und wissenschaftlichen Einrichtungen der Universitäten im In und Ausland zusammen und sind

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  • Diagnostik
    Leukämien Lymphome Pathologie Solide Tumoren Companion Diagnostics Transfusionsmedizin HLA Typisierung Primäre Immundefekte Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse Enteralis HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Fachabteilungen Molekulargenetik Neurogenetik Pharmakogenetik Nutrigenetik Stoffwechselgenetik Zytogenetik Reproduktionsgenetik Molekulare Onkologie Immungenetik Klin Chemie Immunbiologie Molekulare Infektiologie Abstammungsanalysen Bioinformatik Sprechstunden Genetische Beratung Immuntherapie Aktuelles Veranstaltungen Fachinformationen Gesetzliche Regelungen Abrechnung Adressen Links Downloads Untersuchungsaufträge Einwilligungserklärung Fachinformationen Informationsbroschüren Publikationen Publikationen 2016 Publikationen 2015 Publikationen 2014 Publikationen 2013 Publikationen 2012 Publikationen 2011 Publikationen 2010 Unternehmen Facharztbereiche Humangenetik Laboratoriumsmedizin Mikrobio Virologie Transfusionsmedizin HLA Labor Immundefekt Diagnostik Immunisierungsbehandlung Pathologie Historie Impressum Standorte LG Martinsried Qualitätsmanagement Aufgaben Urkunden Zertifikate Ringversuchsteilnahmen Stellenangebote Kontakt Sie befinden sich hier Diagnostik Letzte Änderung 02 12 2015 Indikationsgruppen Gen Panels Exomanalysen Humangenetik Aortenerkrankungen Augenerkrankungen Bindegewebe Skelett Blutbildendes System Fiebersyndrome Gerinnungsstörungen Herzerkrankungen Immundefekte Lungenerkrankungen Muskelerkrankungen Neurologische Erkrankungen Nierenerkrankungen Pankreatitis RASopathien Schwerhörigkeit Stoffwechselerkrankungen Usher Syndrom Ziliopathien NIPT Prenatalis CES WES Tumor hereditär Leukämien Lymphome Transfusionsmedizin Transfusionsmedizin Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Laboratoriumsmedizin Erkrankungen Syndrome A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z gesamt 25 Hydroxy Vitamin D3 D2 Abetalipoproteinämie ABL Abortdiagnostik Abstammungsanalysen Achondrogenesie Typ 2 ACG2 Langer Saldino Achondroplasie ACH Adrenogenitales Syndrom AGS Agammaglobulinämie Bruton XLA Akute Leukämien Akute lymphatische Leukämie ALL Akute myeloische Leukämie AML Alkohol Intoleranz Alopezie Alpha 1 Antitrypsin Mangel Alpha Thalassämie Alport Syndrom ATS Alzheimer Erkrankung Frühform AD1 Alzheimer Erkrankung Spätform AD2 Amyloidose familiäre Form Androgeninsensitivität AIS Aneurysmen Osteoarthritis Syndrom AOS Angeborene thorakale Aortenerkrankungen Angelman Syndrom Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 3 FAA3 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 4 FAA4 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 5 FAA5 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 6 FAA6 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 7 AAT7 Apert Syndrom Apolipoprotein A I Defizienz Apolipoprotein B Defizienz FLDB Apolipoprotein C II Defizienz Typ I Hyperlipidämie Arrhythmogene rechtventrikuläre Dysplasie ARVD Ataxie

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  • Erkrankungen/Syndrome
    Lymphome Pathologie Solide Tumoren Companion Diagnostics Transfusionsmedizin HLA Typisierung Primäre Immundefekte Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse Enteralis HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Fachabteilungen Molekulargenetik Neurogenetik Pharmakogenetik Nutrigenetik Stoffwechselgenetik Zytogenetik Reproduktionsgenetik Molekulare Onkologie Immungenetik Klin Chemie Immunbiologie Molekulare Infektiologie Abstammungsanalysen Bioinformatik Sprechstunden Genetische Beratung Immuntherapie Aktuelles Veranstaltungen Fachinformationen Gesetzliche Regelungen Abrechnung Adressen Links Downloads Untersuchungsaufträge Einwilligungserklärung Fachinformationen Informationsbroschüren Publikationen Publikationen 2016 Publikationen 2015 Publikationen 2014 Publikationen 2013 Publikationen 2012 Publikationen 2011 Publikationen 2010 Unternehmen Facharztbereiche Humangenetik Laboratoriumsmedizin Mikrobio Virologie Transfusionsmedizin HLA Labor Immundefekt Diagnostik Immunisierungsbehandlung Pathologie Historie Impressum Standorte LG Martinsried Qualitätsmanagement Aufgaben Urkunden Zertifikate Ringversuchsteilnahmen Stellenangebote Kontakt Sie befinden sich hier Diagnostik Erkrankungen Syndrome Letzte Änderung 02 12 2015 Indikationsgruppen Gen Panels Exomanalysen Humangenetik Aortenerkrankungen Augenerkrankungen Bindegewebe Skelett Blutbildendes System Fiebersyndrome Gerinnungsstörungen Herzerkrankungen Immundefekte Lungenerkrankungen Muskelerkrankungen Neurologische Erkrankungen Nierenerkrankungen Pankreatitis RASopathien Schwerhörigkeit Stoffwechselerkrankungen Usher Syndrom Ziliopathien NIPT Prenatalis CES WES Tumor hereditär Leukämien Lymphome Transfusionsmedizin Transfusionsmedizin Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Laboratoriumsmedizin Erkrankungen Syndrome A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z gesamt 25 Hydroxy Vitamin D3 D2 Abetalipoproteinämie ABL Abortdiagnostik Abstammungsanalysen Achondrogenesie Typ 2 ACG2 Langer Saldino Achondroplasie ACH Adrenogenitales Syndrom AGS Agammaglobulinämie Bruton XLA Akute Leukämien Akute lymphatische Leukämie ALL Akute myeloische Leukämie AML Alkohol Intoleranz Alopezie Alpha 1 Antitrypsin Mangel Alpha Thalassämie Alport Syndrom ATS Alzheimer Erkrankung Frühform AD1 Alzheimer Erkrankung Spätform AD2 Amyloidose familiäre Form Androgeninsensitivität AIS Aneurysmen Osteoarthritis Syndrom AOS Angeborene thorakale Aortenerkrankungen Angelman Syndrom Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 3 FAA3 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 4 FAA4 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 5 FAA5 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 6 FAA6 Aortendissektion familiäre thorakaler Typ 7 AAT7 Apert Syndrom Apolipoprotein A I Defizienz Apolipoprotein B Defizienz FLDB Apolipoprotein C II Defizienz Typ I Hyperlipidämie Arrhythmogene rechtventrikuläre Dysplasie ARVD

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  • Parameter/Gene
    Kolorektales Karzinom Leukämien Lymphome Pathologie Solide Tumoren Companion Diagnostics Transfusionsmedizin HLA Typisierung Primäre Immundefekte Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse Enteralis HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Fachabteilungen Molekulargenetik Neurogenetik Pharmakogenetik Nutrigenetik Stoffwechselgenetik Zytogenetik Reproduktionsgenetik Molekulare Onkologie Immungenetik Klin Chemie Immunbiologie Molekulare Infektiologie Abstammungsanalysen Bioinformatik Sprechstunden Genetische Beratung Immuntherapie Aktuelles Veranstaltungen Fachinformationen Gesetzliche Regelungen Abrechnung Adressen Links Downloads Untersuchungsaufträge Einwilligungserklärung Fachinformationen Informationsbroschüren Publikationen Publikationen 2016 Publikationen 2015 Publikationen 2014 Publikationen 2013 Publikationen 2012 Publikationen 2011 Publikationen 2010 Unternehmen Facharztbereiche Humangenetik Laboratoriumsmedizin Mikrobio Virologie Transfusionsmedizin HLA Labor Immundefekt Diagnostik Immunisierungsbehandlung Pathologie Historie Impressum Standorte LG Martinsried Qualitätsmanagement Aufgaben Urkunden Zertifikate Ringversuchsteilnahmen Stellenangebote Kontakt Sie befinden sich hier Diagnostik Parameter Gene Letzte Änderung 02 12 2015 Indikationsgruppen Gen Panels Exomanalysen Humangenetik Aortenerkrankungen Augenerkrankungen Bindegewebe Skelett Blutbildendes System Fiebersyndrome Gerinnungsstörungen Herzerkrankungen Immundefekte Lungenerkrankungen Muskelerkrankungen Neurologische Erkrankungen Nierenerkrankungen Pankreatitis RASopathien Schwerhörigkeit Stoffwechselerkrankungen Usher Syndrom Ziliopathien NIPT Prenatalis CES WES Tumor hereditär Leukämien Lymphome Transfusionsmedizin Transfusionsmedizin Mikrobiologie Virologie Mikrobiom Analyse HIV HCV Genotypisierung Laboratoriumsmedizin Laboratoriumsmedizin Parameter Gene A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z gesamt Hinweis einige Gene sind mehrfach verlinkt da sie mit verschiedenen Erkrankungen assoziiert oder Teil eines Gen Panels MGPS Multi Gen Panel Sequenzierung sind A2ML1 ABCA1 ABCB1 ABCC8 ABL ABL1 ACADM ACE ACTA2 ACTC1 ACTG1 ACTN2 ACTN4 MGP NS ADAMTS2 MGP EDS Typ VIIC ADH2 AFF1 AGT AGTR1 AGXT AHI1 MGP Joubert Syndrom Nephronophthise AIRE ALAD MGP Porphyrien ALAS2 MGP Porphyrien ALDH2 ALDH7A1 ALDOB ANK1 MGP Sphärozytose ANK2 ANKRD1 Anti HAV Anti HBc Anti HBsAG Anti HBe Anti HBc IgM Anti HBsAg Anti HDV Anti HEV APC APOA1 Apolipoprotein C II Defizienz HDL Mangel Syndrom APOA5 APOB Apolipoprotein B Defizienz Hypercholesterinämie APOC2 Apolipoprotein C II Defizienz Chylomikronämie Syndrom APOE Alzheimer Erkrankung Dysbetalipoproteinämie APP AR Muskelatrophie Androgeninsensitivitätssyndrom

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  • Gen-Panel Analysen | Diagnostik & Informationen
    Molekulare Infektiologie Abstammungsanalysen Bioinformatik Sprechstunden Genetische Beratung Immuntherapie Aktuelles Veranstaltungen Fachinformationen Gesetzliche Regelungen Abrechnung Adressen Links Downloads Untersuchungsaufträge Einwilligungserklärung Fachinformationen Informationsbroschüren Publikationen Publikationen 2016 Publikationen 2015 Publikationen 2014 Publikationen 2013 Publikationen 2012 Publikationen 2011 Publikationen 2010 Unternehmen Facharztbereiche Humangenetik Laboratoriumsmedizin Mikrobio Virologie Transfusionsmedizin HLA Labor Immundefekt Diagnostik Immunisierungsbehandlung Pathologie Historie Impressum Standorte LG Martinsried Qualitätsmanagement Aufgaben Urkunden Zertifikate Ringversuchsteilnahmen Stellenangebote Kontakt Ihr Browser kann leider keine eingebetteten Frames anzeigen Sie können die eingebettete Seite über den folgenden Verweis aufrufen Schnellzugriff Next Generation Sequencing in der molekularen Diagnostik Die technischen Möglichkeiten das Erbgut von Mensch Tier und Pflanzen aber auch das von Infektionserregern Mikroorganismen oder Parasiten kurz der gesamten belebten Materie zu analysieren haben sich seit 2007 durch Entwicklung neuer Hochdurchsatz Methoden die unter dem Begriff Next Generation Sequencing NGS zusammen gefasst werden dramatisch weiterentwickelt Wurde der vorläufige Abschluss des Humanen Genom Projekts HGP im Jahr 2000 noch als Durchbruch in der biomedizinischen Forschung durch Tausende beteiligter Wissenschaftler gefeiert kann heute ein Humanes Genom von einem technisch versierten Mitarbeiter innerhalb von 1 Woche in hoher Qualität sequenziert werden Die Kosten für die Sequenzierung eines kompletten menschlichen Genom haben sich in den vergangenen 15 Jahren von 100 Mio US auf nunmehr etwas mehr als 1 000 US reduziert Gleichzeitig hat sich der Durchsatz der Geräte unter der Annahme einer 100 fachen Abdeckung Base ebenfalls um den Faktor 100 000 erhöht Die gewaltigen technologischen Fortschritte in den DNA Sequenziertechnologien übertreffen sogar die Geschwindigkeit der Weiterentwicklung von Speichermedien in der IT Industrie sog Moor sches Gesetz und ein Ende der Entwicklung ist derzeit noch nicht abzusehen Klein HG und Rost I Bundesgesundheitsblatt 58 113 2015 Auch für die Anwendungen in der Diagnostik haben die Hochleistungs Sequenziertechnologien erhebliche Bedeutung So wird in der Humangenetik bereits darüber diskutiert seltene Erkrankungen anstatt der bisher üblichen Zieldiagnostik grundsätzlich

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  • Exom-Sequenzierung
    Tage NextSeq 500 Leseweite ca 2 x 150 bp Durchsatz 40 120 GB Lauf 48 Std MiSeq Benchtop Sequencer Leseweite ca 2 x 300 bp Durchsatz 15 Gb Lauf 65 Std Ion Torrent PGM Leseweite ca 400 bp Durchsatz 3 Gb Lauf 4 Std Roche GS FLX Leseweite ca 600 bp Durchsatz 1 Gb Lauf 10 Std Roche GS FLX Leseweiten 1 200 bp Durchsatz 1 Gb Lauf 10 Std Roche 454 Junior Leseweite ca 600 bp Durchsatz 0 05 Gb Lauf 8 Std Durchsatz bei NGS bezieht sich auf 1 fache Abdeckung Coverage je Base Für die Diagnostik wird mindestens 20 fache Coverage gefordert Zum Vergeleich ABI 3730xl 96 Kapillar Sequencer Leseweite ca 800 bp Durchsatz 0 0001 Gb Lauf 8 Std Bei der Illumina Sequencing by Synthesis SBS Methode wird die fragmentierte Template DNA über spezifische Adaptoren kovalent an einen Glasobjektträger FlowCell gebunden auf dem die Sequenzierreaktion stattfindet Von dem gebundenen Startmolekül ausgehend werden durch einen PCR ähnlichen Schritt Cluster aus identischen Molekülen gebildet Bridge Amplification Die Sequenzierung erfolgt zyklisch und nutzt reversible Terminatorchemie sowie fluoreszenzmarkierte Nukleotide In jedem Zyklus wird genau ein Nukleotid komplementär zu der Template DNA eingebaut Ein besonderes Merkmal der SBS Methode ist die sog Paired end Sequenzierung Hierbei werden die zu sequenzierenden DNA Fragmente von jeder Seite mit einer vorher festgelegten Leseweite von 100 250 bp sequenziert Je nach Größe der DNA Fragmente können diese Reads überlappen oder durch einen nicht sequenzierten DNA Teil Insert getrennt sein Dieser Ansatz bietet Vorteile bei der bioinformatischen Auswertung und kann die Genauigkeit der Analysen signifikant erhöhen Roche 454 Sequenziersysteme verwenden Emulsions PCR emPCR für die klonale Amplifikation der Proben gefolgt von hoch parallelem Pyrosequencing Während der emPCR wird die zu sequenzierende DNA an spezifische Beads gebunden und klonal amplifiziert Die DNA tragenden Beads werden dann angereichert und in spezielle Reaktionskammern auf sog Pico Titre Plates PTP befördert welche alle für die Sequenzierung benötigten Reagenzien enthalten Anschließend werden sequenziell Fluoreszenz Desoxyribonucleotide dATP dTTP dCTP dGTP zugegeben Bei Komplementarität zur Base des Templates erfolgt der Einbau des korrespondierenden Desoxy Nukleotids und die Emission eines Lichtsignals Sind in der zu sequenzierenden DNA mehrere aufeinanderfolgende identische Nukleotide Homopolymere vorhanden werden mehrere gleiche Nukleotide nacheinander eingebaut und das korrespondierende Lichtsignal ist proportional stärker Life Technologies Sequenziersysteme z B Ion Torrent PGA oder Proton basieren auf einer pH vermittelten Sequenzierung und wird auch als Post Light Sequenzierung bezeichnet Die Methode folgt einem Sequenzierung durch Synthese Ansatz insofern dass ein DNA Template durch sequentiellen Nukleotideinbau komplementiert wird Die Methode zur Detektion der eingebauten Nukleotide unterscheidet sich allerdings substantiell von den vorher beschriebenen Methoden durch den Verzicht auf ein optisches Signal Der Einbau eines Nukleotids involviert das Formen einer kovalenten Bindung unter Freisetzung eines Pyrophosphats und eines positiv geladenen Wasserstoffions Der Einbau eines Nukleotids durch die DNA Polymerase wird bei dem Ion Torrent System durch eine Änderung des pHWertes ausgelöst von dem freigesetzten Wasserstoffion detektiert Die zu sequenzierende DNA wird in Mikroreaktionskammern auf einem Halbleiterchip gebracht Diese Reaktionskammern enthalten die DNA Polymerase die verschiedenen

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  • Clinical-Exome-Sequencing
    verwenden Emulsions PCR emPCR für die klonale Amplifikation der Proben gefolgt von hoch parallelem Pyrosequencing Während der emPCR wird die zu sequenzierende DNA an spezifische Beads gebunden und klonal amplifiziert Die DNA tragenden Beads werden dann angereichert und in spezielle Reaktionskammern auf sog Pico Titre Plates PTP befördert welche alle für die Sequenzierung benötigten Reagenzien enthalten Anschließend werden sequenziell Fluoreszenz Desoxyribonucleotide dATP dTTP dCTP dGTP zugegeben Bei Komplementarität zur Base des Templates erfolgt der Einbau des korrespondierenden Desoxy Nukleotids und die Emission eines Lichtsignals Sind in der zu sequenzierenden DNA mehrere aufeinanderfolgende identische Nukleotide Homopolymere vorhanden werden mehrere gleiche Nukleotide nacheinander eingebaut und das korrespondierende Lichtsignal ist proportional stärker Life Technologies Sequenziersysteme z B Ion Torrent PGA oder Proton basieren auf einer pH vermittelten Sequenzierung und wird auch als Post Light Sequenzierung bezeichnet Die Methode folgt einem Sequenzierung durch Synthese Ansatz insofern dass ein DNA Template durch sequentiellen Nukleotideinbau komplementiert wird Die Methode zur Detektion der eingebauten Nukleotide unterscheidet sich allerdings substantiell von den vorher beschriebenen Methoden durch den Verzicht auf ein optisches Signal Der Einbau eines Nukleotids involviert das Formen einer kovalenten Bindung unter Freisetzung eines Pyrophosphats und eines positiv geladenen Wasserstoffions Der Einbau eines Nukleotids durch die DNA Polymerase wird bei dem Ion Torrent System durch eine Änderung des pHWertes ausgelöst von dem freigesetzten Wasserstoffion detektiert Die zu sequenzierende DNA wird in Mikroreaktionskammern auf einem Halbleiterchip gebracht Diese Reaktionskammern enthalten die DNA Polymerase die verschiedenen Nuleotide werden sequentiell zugesetzt Komplementäre Nukleotide werden von der Polymerase eingebaut und die freigesetzten Wasserstoffionen werden von einer ionensensitiven Schicht unter den Reaktionskammern detektiert Wie bei der Roche 454 Technologie kann es zum Einbau von multiplen Nukleotiden in den Template Strang kommen falls eine Homopolymer Region vorliegt Auch hier ist das detektierte pH Signal proportional zur Anzahl der eingebauten Nukleotide Die Sequenzierung eines Halbleiterchips dauert 2 4 Stunden die Leseweite beträgt je nach eingesetztem Kit durchschnittlich 100 200 oder 300 bp Es werden verschiedene Chip Größen angeboten die einen flexiblen Durchsatz ermöglichen bis 10 Mb mit dem 314 Chip bis 100 Mb mit dem 316 Chip und bis zu 1 GB mit dem 318 Chip Clinical Exome Sequenzierung CES Dipl Bioinf Sebastian Eck Im Vergleich zu Whole Exome Sequencing WES bei der alle proteincodierenden Bereiche angereichert und sequenziert werden wird bei Clinical Exome Sequencing CES ein Subset des Exoms angereichert Hierbei wurde auf krankheitsassoziierte Gene fokussiert die in der Human Gene Mutation Database HGMD beschrieben sind Die angereicherte Region umfasst hierbei derzeit 4 813 Gene und damit fast 62 000 Exons weitere Informationen und vollständige Genliste siehe auf www illumina com Der Vorteil der CES liegt in der Vorauswahl von krankheitsrelevanten Genen die die Interpretation der identifizierten Varianten erleichtert CES ist flexibel einsetzbar für verschiedene Indikationen wie ursächlich ungeklärte Entwicklungsstörungen sowie Erkrankungen die durch Mutationen in mehreren verschiedenen Genen bedingt sein können Da Entwicklungsstörungen sehr oft sporadisch d h als Einzelfall in der Familie auftreten ist es naheliegend Neumutationen in Genen die z B bedeutsam für die Entwicklung und Verschaltung von Neuronen sind

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  • Whole-Exome-Sequencing
    werden durch einen PCR ähnlichen Schritt Cluster aus identischen Molekülen gebildet Bridge Amplification Die Sequenzierung erfolgt zyklisch und nutzt reversible Terminatorchemie sowie fluoreszenzmarkierte Nukleotide In jedem Zyklus wird genau ein Nukleotid komplementär zu der Template DNA eingebaut Ein besonderes Merkmal der SBS Methode ist die sog Paired end Sequenzierung Hierbei werden die zu sequenzierenden DNA Fragmente von jeder Seite mit einer vorher festgelegten Leseweite von 100 250 bp sequenziert Je nach Größe der DNA Fragmente können diese Reads überlappen oder durch einen nicht sequenzierten DNA Teil Insert getrennt sein Dieser Ansatz bietet Vorteile bei der bioinformatischen Auswertung und kann die Genauigkeit der Analysen signifikant erhöhen Roche 454 Sequenziersysteme verwenden Emulsions PCR emPCR für die klonale Amplifikation der Proben gefolgt von hoch parallelem Pyrosequencing Während der emPCR wird die zu sequenzierende DNA an spezifische Beads gebunden und klonal amplifiziert Die DNA tragenden Beads werden dann angereichert und in spezielle Reaktionskammern auf sog Pico Titre Plates PTP befördert welche alle für die Sequenzierung benötigten Reagenzien enthalten Anschließend werden sequenziell Fluoreszenz Desoxyribonucleotide dATP dTTP dCTP dGTP zugegeben Bei Komplementarität zur Base des Templates erfolgt der Einbau des korrespondierenden Desoxy Nukleotids und die Emission eines Lichtsignals Sind in der zu sequenzierenden DNA mehrere aufeinanderfolgende identische Nukleotide Homopolymere vorhanden werden mehrere gleiche Nukleotide nacheinander eingebaut und das korrespondierende Lichtsignal ist proportional stärker Life Technologies Sequenziersysteme z B Ion Torrent PGA oder Proton basieren auf einer pH vermittelten Sequenzierung und wird auch als Post Light Sequenzierung bezeichnet Die Methode folgt einem Sequenzierung durch Synthese Ansatz insofern dass ein DNA Template durch sequentiellen Nukleotideinbau komplementiert wird Die Methode zur Detektion der eingebauten Nukleotide unterscheidet sich allerdings substantiell von den vorher beschriebenen Methoden durch den Verzicht auf ein optisches Signal Der Einbau eines Nukleotids involviert das Formen einer kovalenten Bindung unter Freisetzung eines Pyrophosphats und eines positiv geladenen Wasserstoffions Der Einbau eines Nukleotids durch die DNA Polymerase wird bei dem Ion Torrent System durch eine Änderung des pHWertes ausgelöst von dem freigesetzten Wasserstoffion detektiert Die zu sequenzierende DNA wird in Mikroreaktionskammern auf einem Halbleiterchip gebracht Diese Reaktionskammern enthalten die DNA Polymerase die verschiedenen Nuleotide werden sequentiell zugesetzt Komplementäre Nukleotide werden von der Polymerase eingebaut und die freigesetzten Wasserstoffionen werden von einer ionensensitiven Schicht unter den Reaktionskammern detektiert Wie bei der Roche 454 Technologie kann es zum Einbau von multiplen Nukleotiden in den Template Strang kommen falls eine Homopolymer Region vorliegt Auch hier ist das detektierte pH Signal proportional zur Anzahl der eingebauten Nukleotide Die Sequenzierung eines Halbleiterchips dauert 2 4 Stunden die Leseweite beträgt je nach eingesetztem Kit durchschnittlich 100 200 oder 300 bp Es werden verschiedene Chip Größen angeboten die einen flexiblen Durchsatz ermöglichen bis 10 Mb mit dem 314 Chip bis 100 Mb mit dem 316 Chip und bis zu 1 GB mit dem 318 Chip Whole Exome Sequencing WES Dipl Bioinf Sebastian Eck Whole Exome Sequencing WES umfasst die Anreicherung und Sequenzierung aller proteincodierenden Bereiche ca 20 000 Gene wohingegen bei Clinical Exome Sequencing CES nur ein Subset des Exoms krankheitsassoziierte Gene angereichert werden Mehrere

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